Marcus Krantz
Marcus Krantz Befattning: Forskare Organisation: Institutionen för medicinska vetenskaperE-post: bWFyY3VzLmtyYW50ejtvcnUuc2U=
Telefon: 019 302490
Rum: X2222
Om Marcus Krantz
Marcus Krantz är forskare i Systembiologi vid Institutionen för medicinska vetenskaper vid Örebro Universitet. Tidigare var han gruppledare vid Humboldt-Universität zu Berlin där han utvecklade rxncon, ett system för att kunna modellera storskaliga cellulära signalnätverk. Huvudfokus i hans forskning ligger på att förstå hur celler bearbetar information och använder informationen för att anpassa sitt beteende till växlande omständigheter och signaler.
Forskning
Målet med min forskning är att förstå hur celler tolkar sin omgivning. Celler känner av sin omgivning via receptorer och bearbetar dessa ”sinnesintryck” via signalvägar som överför informationen och integrerar olika intryck till en specifik cellulär reaktion. I vår forskningsmiljö är vi särskilt intresserade av inflammation, och vårt arbete syftar till att förstå hur inflammatoriska processer kontrolleras med hjälp av cellens olika signalvägar.
Inflammation är i grunden en livsviktig skyddsmekanism som mobiliserar kroppens försvar vid infektion eller vävnadsskada. Genom ökad genomblödning och aktiv rekrytering av immunceller förstärker kroppen sitt försvar där infektion eller skada upptäckts, och den ökade genomblödningen (som vi märker som en svullnad och rodnad) ökar läkeförmågan. Samtidigt är det skadlig när inflammationen inte går över, och flera kroniska sjukdomar är förbundna med ihållande kronisk inflammation.
Syftet med vår forskning är att kartlägga hur olika signalvägar bidrar till uppkomsten och avvecklingen av inflammation, och hur skillnader i dessa signalvägar mellan individer kan förklara varför vissa patienter lider av spontan eller kronisk inflammation. Målet är att få en så djup förståelse av hur dessa signalvägar fungerar, och hur dessa funktioner förändras genom genetiska förändringar eller behandling med läkemedel, att den kunskapen kan användas för att förbättra och individanpassa terapier.
Undervisning
Marcus Krantz föreläser i systembiologi och tränar studenter i att använda systembiologiska metoder för att skapa en helhetsförståelse av ett system utifrån en detaljerad förståelse av dess byggstenar. Han är basgruppshandledare och kursansvarig för den femte terminen på läkarprogrammet vid Institutionen för Medicinska Vetenskaper, och har varit inbjuden lärare på flera internationella systembiologikurser.
Forskargrupper
Publikationer
Artiklar i tidskrifter
- Krantz, M. , Eklund, D. , Särndahl, E. & Hedbrant, A. (2023). A detailed molecular network map and model of the NLRP3 inflammasome. Frontiers in Immunology, 14. [BibTeX]
- Carretero Chavez, W. , Krantz, M. , Klipp, E. & Kufareva, I. (2023). kboolnet: a toolkit for the verification, validation, and visualization of reaction-contingency (rxncon) models. BMC Bioinformatics, 24 (1). [BibTeX]
- Adler, S. O. , Spiesser, T. W. , Uschner, F. , Münzner, U. , Hahn, J. , Krantz, M. & Klipp, E. (2022). A yeast cell cycle model integrating stress, signaling, and physiology. FEMS yeast research (Print), 22 (1). [BibTeX]
- Münzner, U. , Mori, T. , Krantz, M. , Klipp, E. & Akutsu, T. (2022). Identification of periodic attractors in Boolean networks using a priori information. PloS Computational Biology, 18 (1). [BibTeX]
- Romers, J. , Thieme, S. , Münzner, U. & Krantz, M. (2020). A scalable method for parameter-free simulation and validation of mechanistic cellular signal transduction network models. npj Systems Biology and Applications, 6 (1). [BibTeX]
- Münzner, U. , Klipp, E. & Krantz, M. (2019). A comprehensive, mechanistically detailed, and executable model of the cell division cycle in Saccharomyces cerevisiae. Nature Communications, 10 (1). [BibTeX]
- Romers, J. , Thieme, S. , Münzner, U. & Krantz, M. (2019). Using rxncon to Develop Rule-Based Models. Methods in Molecular Biology, 71-118. [BibTeX]
- Cvijovic, M. , Höfer, T. , Aćimović, J. , Alberghina, L. , Almaas, E. , Besozzi, D. , Blomberg, A. , Bretschneider, T. & et al. (2016). Strategies for structuring interdisciplinary education in Systems Biology: an European perspective. npj Systems Biology and Applications, 2 (1). [BibTeX]
- Spiesser, T. , Kühn, C. , Krantz, M. & Klipp, E. (2016). The MYpop toolbox: Putting yeast stress responses in cellular context on single cell and population scales. Biotechnology Journal, 11 (9), 1158-1168. [BibTeX]
- Waltemath, D. , Krantz, M. & Schrieber, F. (2016). Toward community standards and software for Whole-Cell Modeling. IEEE Transactions on Biomedical Engineering, 63 (10), 2007-2014. [BibTeX]
- Spiesser, T. W. , Kühn, C. , Krantz, M. & Klipp, E. (2015). Bud-Localization of CLB2 mRNA can constitute a growth rate dependent daughter sizer. PloS Computational Biology, 11 (4). [BibTeX]
- Lubitz, T. , Welkenhuysen, N. , Shashkova, S. , Bendrioua, L. , Hohmann, S. , Klipp, E. & Krantz, M. (2015). Network reconstruction and validation of the Snf1/AMPK pathway in baker’s yeast based on a comprehensive literature review. npj Systems Biology and Applications, 1. [BibTeX]
- Mori, T. , Flöttmann, M. , Krantz, M. , Akutsu, T. & Klipp, E. (2015). Stochastic simulation of Boolean rxncon models: towards quantitative analysis of large signaling networks. BMC Systems Biology, 9. [BibTeX]
- García‐Salcedo, R. , Lubitz, T. , Beltran, G. , Elbing, K. , Tian, Y. , Frey, S. , Wolkenhauer, O. , Krantz, M. & et al. (2014). Glucose de‐repression by yeast AMP‐activated protein kinase SNF1 is controlled via at least two independent steps. The FEBS Journal, 281 (7), 1901-1917. [BibTeX]
- Krause, F. , Schulz, M. , Ripkens, B. , Flöttmann, M. , Krantz, M. , Klipp, E. & Handorf, T. (2013). Biographer: web-based editing and rendering of SBGN compliant biochemical networks. Bioinformatics, 29 (11), 1467-1468. [BibTeX]
- Geijer, C. , Medrala‐Klein, D. , Petelenz‐Kurdziel, E. , Ericsson, A. , Smedh, M. , Andersson, M. , Goksör, M. , Nadal‐Ribelles, M. & et al. (2013). Initiation of the transcriptional response to hyperosmotic shock correlates with the potential for volume recovery. The FEBS Journal, 280 (16), 3854-3867. [BibTeX]
- Flöttmann, M. , Krause, F. , Klipp, E. & Krantz, M. (2013). Reaction-contingency based bipartite Boolean modelling. BMC Systems Biology, 7. [BibTeX]
- Tiger, C. , Krause, F. , Cedersund, G. , Palmér, R. , Klipp, E. , Hohmann, S. , Kitano, H. & Krantz, M. (2012). A framework for mapping, visualisation and automatic model creation of signal‐transduction networks. Molecular Systems Biology, 8. [BibTeX]
- Spiesser, T. W. , Müller, C. , Schreiber, G. , Krantz, M. & Klipp, E. (2012). Size homeostasis can be intrinsic to growing cell populations and explained without size sensing or signalling. The FEBS Journal, 279 (22), 4213-4230. [BibTeX]
- Geijer, C. , Pirkov, I. , Vongsangnak, W. , Ericsson, A. , Nielsen, J. , Krantz, M. & Hohmann, S. (2012). Time course gene expression profiling of yeast spore germination reveals a network of transcription factors orchestrating the global response. BMC Genomics, 13. [BibTeX]
- Babazadeh, R. , Moghadas Jafari, S. , Zackrisson, M. , Blomberg, A. , Hohmann, S. , Warringer, J. & Krantz, M. (2011). TheAshbya gossypiiEF-1αpromoter of the ubiquitously used MX cassettes is toxic to Saccharomyces cerevisiae. FEBS Letters, 585 (24), 3907-3913. [BibTeX]
- Krantz, M. , Ahmadpour, D. , Ottosson, L. , Warringer, J. , Waltermann, C. , Nordlander, B. , Klipp, E. , Blomberg, A. & et al. (2009). Robustness and fragility in the yeast high osmolarity glycerol (HOG) signal‐transduction pathway. Molecular Systems Biology, 5. [BibTeX]
- Hohmann, S. , Krantz, M. & Nordlander, B. (2007). Yeast Osmoregulation. Methods in Enzymology, 428, 29-45. [BibTeX]
- Krantz, M. , Becit, E. & Hohmann, S. (2006). Comparative analysis of HOG pathway proteins to generate hypotheses for functional analysis. Current Genetics, 49 (3), 152-165. [BibTeX]
- Krantz, M. , Becit, E. & Hohmann, S. (2006). Comparative genomics of the HOG-signalling system in fungi. Current Genetics, 49 (3), 137-151. [BibTeX]
- Krantz, M. , Nordlander, B. , Valadi, H. , Johansson, M. , Gustafsson, L. & Hohmann, S. (2004). Anaerobicity prepares saccharomyces cerevisiae cells for faster adaptation to osmotic shock. Eukaryotic Cell, 3 (6), 1381-1390. [BibTeX]
- Rep, M. , Krantz, M. , Thevelein, J. M. & Hohmann, S. (2000). The transcriptional response of saccharomyces cerevisiae to osmotic shock. Journal of Biological Chemistry, 275 (12), 8290-8300. [BibTeX]
Artiklar, forskningsöversikter
- Cvijovic, M. , Almquist, J. , Hagmar, J. , Hohmann, S. , Kaltenbach, H. , Klipp, E. , Krantz, M. , Mendes, P. & et al. (2014). Bridging the gaps in systems biology. Molecular Genetics and Genomics, 289 (5), 727-734. [BibTeX]
- Rother, M. , Münzner, U. , Thieme, S. & Krantz, M. (2013). Information content and scalability in signal transduction network reconstruction formats. Molecular Biosystems, 9 (8), 1993-2004. [BibTeX]
Kapitel i böcker, del av antologier
- Münzner, U. , Lubitz, T. , Klipp, E. & Krantz, M. (2017). Toward Genome‐Scale Models of Signal Transduction Networks. I: Jens Nielsen; Stefan Hohmann, Systems Biology (ss. 215-242). . Wiley-VCH Verlagsgesellschaft. [BibTeX]
- Nordlander, B. , Krantz, M. & Hohmann, S. (2008). Hog1-mediated Metabolic Adjustments Following Hyperosmotic Shock in the Yeast Saccharomyces cerevisiae. I: Francesc Posas; Angel R. Nebreda, Stress-Activated Protein Kinases (ss. 141-158). Berlin: Springer-Verlag Berlin Heidelberg. [BibTeX]
- Krantz, M. & Hohmann, S. (2005). Employing protein size in the functional analysis of orthologous proteins, as illustrated with the yeast HOG pathway. I: Per Sunnerhagen; Jure Piškur, Comparative Genomics: Using Fungi as Models (ss. 131-143). . Springer. [BibTeX]
Konferensbidrag
- Zuidberg dos Martires, P. , Derkinderen, V. , De Raedt, L. & Krantz, M. (2024). Automated Reasoning in Systems Biology: A Necessity for Precision Medicine. I: Pierre Marquis; Magdalena Ortiz; Maurice Pagnucco, Proceedings of the 21st International Conference on Principles of Knowledge Representation and Reasoning. Konferensbidrag vid 21st International Conference on Principles of Knowledge Representation and Reasoning (KR 2024), Hanoi, Vietnam, November 2-8, 2024. (ss. 974-980). AAAI Press. [BibTeX]