Identifiering av virala RNA sekvensvariationer och virala/cellulära proteiner involverade i regleringen av flavivirus replikering: implikationer för vaccinutveckling

Huvudsyftet med min forskning är att utveckla ett vaccin mot flavivirus infektion. För att uppnå detta är det absolut nödvändigt att först förstå hur viruset fungerar och utnyttjar värdcellmaskineriet för att slutföra sin smittcykel.

Myggburna flavivirus är allvarliga patogener associerade med hög sjuklighet och dödlighet i hela världen och det finns ingen specifik terapi för behandling av infektionerna. Viruset kan orsaka svår CNS sjukdom hos människor, hästar och andra djur.

Flavivirus är en virusfamilj av RNA-virus. Alla RNA i en cell är associerade med proteiner och RNA är beroende av dessa interaktioner att fungera effektivt. Interaktioner av virus RNAt med proteiner beror på RNA-sekvensen och sekundär struktur. Den exakta RNA-sekvensen är därför av största vikt eftersom det påverkar sekundära struktur, funktion och utnyttjandegraden av virala RNA.

Arvsmassan hos West Nile Virus (WNV) består av enkelsträngat RNA-molekyl och innehåller icke kodande regioner på vardera sidan av RNA genomet. Dessa kallas för 5'- och 3'-otranslaterade regionen (UTR) och spelar viktiga roller i virusets genreglering, initiering av translation, och RNA-replikation. Två regioner av viruset är av särskilt intresse för min forskning: UTR delen och den icke-strukturella (NS) genen. Min forskning syftar till att identifiera virala RNA sekvenser och virus/värdcell proteiner av betydelse för virusets genreglering och replikation, genom att använda båda bioinformatik och molekylärbiologiska metoder.

Det är också mycket troligt att den kunskap som erhålls i studien på WNV infektion kan appliceras till andra flavivirus infektion, såsom japansk encefalit (JE) virus, Dengue (DEN) virus, och Fästingburen encefalit (TBE) virus.